Karena WhatsApp OTP dikelola oleh WhatsApp sendiri, template pesan OTP yang diberikan tidak bisa dikustomisasi sesuai kebutuhan perusahaan maupun pelanggan. Selain itu, harga yang ditawarkan untuk WhatsApp OTP juga relatif lebih mahal dibanding SelfV OTP.
Juga, proses verifikasi WhatsApp OTP lebih rawan peretasan karena peretas hanya perlu untuk mendapatkan kode OTP yang dikirimkan ke WhatsApp pengguna. Berbeda dengan SelfV OTP yang proses verifikasinya harus dilakukan oleh pengguna sendiri, dan SelfV juga memverifikasi bukan hanya kode OTPnya saja, namun juga memverifikasi nomor WhatsApp yang mengirimkan OTP.